AIF资产所分离的权力是防止滥用和保护投资者权利的对策之一。因此，AIF架构中位列第二重要的因素是它的保管者，通常是银行。虽然AIFM的责任是管理AIF中的资产，保管者必须保留其中可在银行交易的资产，并确保AIF中不可在银行交易的资产并不会在无意中妨碍第三方任何权利的实施。关于可在银行交易的资产，其规则是：AIFM对资产进行管理，却不能持有上述资产。此外，保管者有责任根据情况就AIF交易的准确性进行检查，而且不允许将可交易资产移交给AIFM。
每一只AIF基金都必须委任一名外部审计师，并需要符合相关监管部门制定的监管规定，在列支敦士登，是由“金融市场管理局”（FMA）来实施监管的。
图例1: 另类投资基金的基本架构
通过清算系统采用中央交易方（CCP）进行的另类投资基金单元交易
和大多数的盎格鲁美属司法辖区中建立的对冲基金不同，中欧的另类投资基金单元通常并不会在AIF中注册。事实上，AIF单元的交易和认购，和AIF单元的赎回都是通过清算系统（例如，Clearstream、Euroclear、SIX SIS）用CCP作为双方交易的对手方来进行的。
因此，AIF单元总体上说都是作为未认证的可清算证券来创建的。在认购AIF单元时，投资者的资产保管银行会制作一个关于此AIF单元的认购表格，并提交给AIF的保管者，该保管者在此AIF中扮演着过户登记人的角色。在认购表格中，投资者的保管银行用它自己的名字对AIF单元进行认购，但认购时代表其客户且是为客户保密的，并对投资者客户进行约定，根据AIF基金文档的规定要求有资格持有该AIF基金单元。
在认购被接受之后，交易通过清算系统，作为付款交割（DVP）来完成交易。在其保管银行的证券账户中收到AIF单元后，投资者就有权支配此AIF单元，举例说明，可以通过柜台交易自由出售给任何第三方。因此，AIF、AIFM或保管者通常都不知道投资者是谁。
- AIF的管理框架和内部监管系统
AIF针对它们的内部控制系统和外部控制实体来说，是遭到严格监管的。有多重维度的管理框架和监管方式，如下文所述：
- 功能性（合规=合法；风险规避；损害修复），
- 多重分级（多重防线：运营、内部控制系统、外部审计）以及
- 多角度（内部控制系统；外部控制管理局）。
- 图例2 此处给您一个上述三个维度执行的总览。AIFM有责任建立内部控制系统。外部控制实体为保管银行、外部审计师和政府监管者。
图例2: 三重防线
对于传统的证券基金来说，定量风险控制的方法比较流行，AIF经常包含少数的资产，或者甚至只有单一资产，比如说，不对外开放的私人俱乐部或单人投资者AIF中的私募基金或房地产资产。所以运营风险管理中在此间就扮演了更为重要的角色。
至于防止犯罪方面，在私募基金和房地产AIF的AIFM日常工作中，反洗钱（AML）对策是重中之重。这会一方面影响到投资者对AIF单元的认购，另一方面，也会影响到AIF的资产交易。幸运的是，中欧基金单元清算系统DVP交易减轻了投资者方面的AIFM在反洗钱方面的许多工作量：交易另一方的认购银行有责任检查认购投资者的资金来源。由于只有银行才有足够的反洗钱手段，银行才被允许参与清算系统，通常它们也是可以被信赖的。
- 用AIF建立架构
由于对持有的资产来说，AIF事实上是不会受到任何限制的，它们适用于下列情形：
- 私募基金、初创公司、衍生投资或
- 受限制于投资者数量的未监管资产经理的财务杠杆作用，他们可以整合于投资项目之中。
不仅如此，在许多其它种类的金融工具中，投资基金的应用可能性要比它们主要用于集合属于众多投资者的资金来共同购买证券的目的更大。第二个非常重要的目的就是用于以下目的的投资基金
- 在相对复杂的企业架构中用于资产架构，
- 传承和税务规划，
- 策略或基金投资的匿名方式，
- 针对恶意收购的保护，或者
- 作为任何种类资产的打包方式
AIF的多种企业架构
列支敦士登AIF有五种不同的企业架构，满足发起人和投资者在架构、控制和税务规划方面的需求。最重要的企业架构为：
- 有可变资本的有限公司的投资公司（SICAV），其中投资者是投资者股份的持有者，AIFM为常务董事；
- 集体托管制度，其中投资者为受益人，AIFM为受托人；以及
- 有限合伙制，其中投资者为有限合伙人，AIFM为普通合伙人的常务董事。
在发起人和AIFM两者之间取得平衡
此案例中对AIFM最重要的是，在其顾客作为AIF发起人和AIFM作为受监管的基金经理的自身利益之间取得平衡。由于AIFM不允许把投资组合交给发起人，无法避免的是，需要事先清晰地定义发起人的目标和目的。这些目标和目的可以整合入AIF的组建文件，目的是给AIFM一个清晰的指导，告诉它这个AIF必须给负责管理的发起人一个确定性，在“他”所管辖的AIF中，到底会发生什么，它的经济目标到底是什么。
对于非公开俱乐部或单个投资者的AIF来说，如果需要一些私密性，就没必要公布AIF的文件。此外，可以指定流程，在产生不可调和分歧时，来规定发起人有可能用另一个持证的AIFM来替换这个AIFM。
架构范例A：AIF作为商务孵化器的资产和杠杆提供者
一家成功的XY商务孵化器有限公司有更多的私募机会，超过它能够支配的资金额。该公司寻求额外的资金和外部融资，并已经认识了一些潜在的投资者。在它所在司法辖区，XY有限公司作为一家进入目标公司的金融投资商不可以让高于一定数量的投资者担任XY有限公司的股东，否则其自身将被认为是一只没有相关认证的投资基金。
孵化器公司的创始人作为AIF的发起人希望得到XY有限公司一个特定的投资组合，作为对其穷尽一生成功创立该公司的奖赏。他们也希望继续保留对XY有限公司的控制权，并获得AIF的最大外部控制权。
在图例3中所示的架构中，展示了发起人的所有需求。XY有限公司新类别的优先股保证了多数投票权和他们所能享受的特殊红利权。通过投资公司或“SICAV”企业形式的AIF中的投票创始人股，发起人负责委任AIF的董事会成员，也可以自己担任董事会的成员。在不被允许在AIF中接管AIFM负责的投资组合管理权的同时，董事会有权用另一名持证AIFM来替换AIFM担任SICAF-AIF的公司常务董事的职务。
在SICAF-AIF中有非投票投资者股权的同时，新投资者有机会在XY公司业务中获利。另一方面，在XY有限公司的成员大会中，只有作为SICAF-AIF经理的AIFM可以出现在AIF的普通股中，消除了存在任何抱有恶意的激进股东的可能性。除了XY有限公司的认购股本之外，AIF也可以允许其它融资工具，比如针对XY有限公司自身绩效的绩效关联贷款或者与XY有限公司单一投资目标相关。
图例3: AIF作为未受监管金融机构的资金和杠杆提供者
架构范例B：针对恶意收购的保护
上市公司的董事会持有多个商务公司，并意识到恶意收购将会发生。攻击者希望拆散公司的持股并出售。在得到公司律师的咨询意见后，董事会决定采取措施，让公司不再对攻击者具有吸引力。
图例4显示了上述方法实施后可能造成的结果。一个新的控股公司得以成立。老控股公司所控的股份以申购注入新的控股公司为目的所设立的AIF，并以AIF基金单元的方式作为回报。AIF有一个为期十年的锁定时间，对第三方投资者开放。在遭遇恶意收购时，攻击者能够得到一家有AIF基金单元的公司，同时不可能对其进行赎回或获得老控股公司所持的原始股份。
图例4: 针对恶意收购进行保护的AIF
图例目录：
图例1: AIF基本架构
图例2: 三道防线
图例3: AIF作为未受监管的金融企业的资金和金融杠杆提供者
图例4: 针对恶意收购进行保护的AIF
